کمی بیشتر راجب بیوانفورماتیک بدانیم(2)

با وجود سابقه­ی نسبتاً کوتاه، بیوانفورماتیک همیشه یک زمینه­ی  چند شاخه غیر معمولی به نظر می رسید. بیست سال قبل وقتی داده­های توالی­ها هنوز نادر بود و فقط یک قسمت کوچک از قدرت سوپر کامپیوترهای امروزی در دسترس بود، بیوانفورماتیک به موضوعات گوناگونی وارد می­شد.

گسترش دیتابیس­ها، چینش توالی­ها،پیشگویی ساختار پروتئین، شناسایی مکانهای کد­کننده و پروموتور، تاخوردگی RNA و ساختمان درخت تکامل، همگی به بیوانفورماتیست­های ابتدایی نسبت داده می شود. برای مرتب کردن این مسئله ها یک زمینه از بنیادهای آمار، ریاضیات، فیزیک،علم کامپیوتر و والبته زیست­شناسی سلولی بوجود آمد. امروزه بیوانفورماتیک گستره­ای را بازتاب می­دهد که ادامه­ی همان چیزی است که شروع شده بود؛ در برگیرنده­ی یک مجموعه از تخصصهای علمی.

بخاطر تنوع ذاتی بیوانفورماتیک، مشکل است که قلمرو آنرا بعنوان یک نظام تعریف کنیم. حتی ممکن است کوشش برای کشیدن مرزهای قوی دور این زمینه بی­ثمر باشد.

به طور طعنه­آمیزی الان هم اگر یک نفر بخواهد یک لیست کامل از سر­فصلهای مطالعاتی درون حدود بیوانفورماتیک را گردآوری کند، اغلب ژنتیک را به عنوان ی نظام بیولوژیکی که یک اصل اساسی مشترک است، جا خواهند انداخت. به عبارت دیگر این مشکل است ک عقیده داشته باشیم بیوانفورمایتک هم در یک اساس رایج محکم در روش­شناسی آماری، وابسته به الگوریتم­­های حسابی کارآمد که به سرعت داده­های زیستی را گسترش می­دهند وهم در اصول بیولوژی ملکولی مشترک باشند. اما از سوی دیگر، این کاملاً قابل فهم است، چون این یک قسمت بزرگ از بیوانفورمایتک، چند سال اخیر را برای کمک به تعیین توالی مقداری از ژنومها صرف کرده است، از جمله ژنوم انسان.

ادامه نوشته

کمی بیشتر راجب بیوانفورماتیک بدانیم

 بیوانفورماتیک : درك زبان خاموش اما جذاب سلولهاي زنده، تلاش بيولوژي مولكولي مدرن است. از يك الفباي ساده چهار حرفي (آدنين، گوانين، سيتوزين، تيمين) دستورالعمل فرآيندهاي حياتي شكل مي گيرد كه پيچيده ترين بيان و گفتار آن‌ها "انسان" است. حجم فوق العاده زياد داده هاي مولكولي و الگوهاي مبهم و مرموز آن‌ها ما را بر آن داشته است تا به نياز مطلق به پايگاه هاي داده كامپيوتري و ابزارهاي تحليل داده‌ها پي ببريم. تلاش و مبارزه ما يافتن روش هاي جديد، جهت مديريت اين داده‌ها حجيم و پيچيده است و نيز فراهم كردن بستري جهت دسترسي به ابزارهاي كامپيوتري و تحليل داده هاست تا ميراث ژنتيكي خود را بيش تر درك كنيم و نقش آن را در سلامت و بيماري‌ها بيابيم.

تعريف: بيوانفورماتيك شاخه اي از علم است كه از كامپيوتر بهره مي گيرد تا اطلاعات بيولوژي مولكولي توالي‌ها دی ان ای یا پروتئين‌ها را در كامپيوتر ذخيره نمايد و با ابزارهاي كامپيوتري و الگوريتم هاي قدرتمند رياضي آناليز و تحليل نمايد.

نياز علم ژنتيك به كامپيوتر: بيولوژي مولكولي و علم ژنتيك مسايلي در پيش دارند كه بيوانفورماتيك مي تواند با به كار بردن اين اطلاعات كامپيوتري شده به حل آن‌ها كمك نمايد. حجم فوق العاده زياد داده‌ها جهت نگهداري و مقايسه هاي گاهاّ ميليوني ركوردها بسيار مشكل و گاهي غير ممكن است.
يكي از كاربردهاي بيوانفورماتيك تحليل اين داده‌ها جهت پي بردن به معماي تكامل هستي است. حل اين معما در ميلياردها نوكلئوتيد درون ژنوم موجودات زنده نهفته است.

پايگاه داده: پايگاه داده يا دیتا بیس يك برنامه كامپيوتري است كه با روش هاي بسيار منظمي اطلاعات را در كامپيوتر ذخيره مي كند و با سرعت فوق العاده اي در آن اطلاعات جست و جو كرده و نتيجه‌ي جستجو را ارايه مي دهد.

نقش پايگاه‌هاي داده: مشهورترين كاربرد بيوانفورماتيك در تحليل توالي هاست. توالي هاي دی ان ای مربوط به ارگانيزم‌هاي مختلف جهت دستيابي سريع و مقايسه آن‌ها با يكديگر، در پايگاه هاي داده ذخيره مي شوند. پروژه ژنوم انسان كه از سال 1996 تا سال 2003 به طول انجاميد نمونه اي از تحليل توالي هاست. در اين پروژه با استفاده از كامپيوترهاي بزرگ و روش هاي مختلف به دست آوردن توالي‌ها، همه ژنوم انسان تعيين توالي گرديد و درون يك پايگاه داده قرار گرفت. با كامل شدن نقشه ژنوم انسان بيوانفورماتيك در تحقيقات سرطان‌ها به اميد رسيدن به يك درمان موفق و نهايي بسيار با اهميت شده است.
پايگاه هاي داده به دو دسته اصلي و فرعي تقسيم مي شوند. نتايج تجربي حاصل از تحقيقات علمي مانند توالي هاي نوكلئوتيدي يك ژن خاص، كه در يك آزمايش تجربي به دست آمده است درون پايگاه هاي داده‌ي اصلي قرار مي گيرند. اين داده‌ها خام و بدون تحليل هستند. نمونه اي از اين نوع پايگاه‌ها "GenBank" است كه توالي‌هاي نوكلئوتيدي را نگهداري مي كند. اين پايگاه توسط" NCBI" مديريت مي شود

هدف بیوانفورماتیک :هدف اوليه بيوانفورماتيك طراحى روش هاى استخراج، نگهدارى، پردازش و تحليل تعداد بسيار زيادى از توالى ها بود. رسيدن به اين هدف، براى محققان علوم زيستى دستاورد عظيمى به شمار مى رود. به طور كلى در طى چند سال اخير، كاوش در پايگاه هاى داده اى براى پژوهشگران زيست شناسى مولكولى به يك فعاليت روزمره و نياز حياتى مبدل شده است.

ادامه دارد...

به ما می گفتند نباید پپسی بخورید,گناه دارد.

وقتی به تهران آمدم,اولین کاری که کردم,از یک دستفروشی یک پپسی گرفتم.

درش تالاپ صدا کرد و باز شد.

بعد خوردم دیدم که خیلی شیرین است.

آن روز نتیجه گرفتم که گناه شیرین است.

(زنده یاد حسین پناهی) 

ماجرای من و شروع ترم جدید!

سلام !

من باید این مطلبو چند روز پیش میذاشتم اما بعلت مشکلات عدیده ای(!!!!) این مهم به امروز محول شد! امیدوارم به بزرگی خودم ببخشید!

ادامه نوشته

انتگرال بگیر!!!!

یه آقایی که دکترای ریاضی محض داشته، هر چقدر دنبال کار می گرده بهش کار نمیدن!! خلاصه بعد از کلی تلاش، متوجه میشه شهرداری تعدادی رفتگر بی سواد استخدام می کنه.
میره شهرداری خودش رو معرفی می کنه و مشغول به کار میشه..
بعد از دو سه ماه میگن همه باید در کلاسهای نهضت شرکت کنید! این بنده خدا هم شرکت می کنه
یه روز معلم محترم در کلاس چهارم، ایشون رو می بره پای تخته تا مساحت یکشکلی رو حساب کنه! تو این فکر بوده که انتگرال بگیره یا نه که می بینه همه دارن داد می زنن: انتگرال بگیر...!!!

دوره زمونه واقعا عوض شده!

شماها رو نمیدونم ولی من وقتی خودم را با کسایی که ازم کوچیکترن مقایسه می کنم احساس می کنم از دوره ی مزوزوئیک اومدم.....

ادامه نوشته

خبر نهایی...

با استاد صحبت شد، شروع کلاسا رسما از 10 بهمنه ولی استاد گفت اگر کسی بیاد کلاس 8 تا 10 تشکیل میشه لذا شروع به اس دادن به همه شد ولی در بین راه برخی گفتند که میرن ....... پس ما که میایم.

در ضمن به استاد حسینقلی به طور مستقیم و استاد رجبی به طور غیر مستقیم گفته شده که ما از 8 دانشگاه هستیم پس احتمال تشکیل این کلاس ها نیز هست!!!!!!!

لطفا به دوستاتون خبر دهید.

برا شنبه چیکار کنیم ؟

سلام بچه ها.ما تصمیم داریم اگه تونستیم با استاد موسوی تلفنا صحبت کنیم تا ببینیم ایشون چی میگن. اگه موافقین نهایتا تا 5 بعد از ظهر نظرتونو اعلام کنید ....

حتما به همه خبر بدین بیان نظر بذارن...............................

اگه نظر نذاشتین بعدا نگین چرا بی اطلاع ما زنگ زدین.

پس سریعا نظرتونو اعلام کنید

خوابگاه امروز و دیروز!

سلام دوستان همکلاسی اونم از نوع ژنتیکی.

امیدوارم سک سک تععطیلات تاالان بهتون خوش گذشته باشه. دلم برا خوابگاه تنگ شده بود!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! گفتم کمی در وصف اون بنویسم. البته اطرافیان نذاشتن کل درد و دلامو بذارم توی وبلاگ پس هر جا .... دیدین یعنی قسمتی از متن سانسور شده.

در شمیرانات قم سکونتگاهی ساخته شده به نام آوینی. این سکونتگاه چند سالی زیستگاه موجوداتی بس عجیب بوده. ......... .نام گونه ی ساکن در این زیستگاه شاهدی واز چهار سویه به نام های علوم انسانی، علوم پایه، فنی و کشاورزی تشکیل شده بود. ...... . گاهی (حدود یک بار در ماه) این گونه مجبور به ظرف شستن می شده پس از این عمل باقیمانده ی غذاهای خورده شده طی این مدت هنوز در ظروف قابل تشخیص است،(اولین صحنه ای که بنده در اتاق مشاهده کردم قاشقی بود که به طرز جالبی قطعه های گوجه فرنگی روی آن مشاهده می شد..... .)

این گونه مهاجرت کرده اند وگونه ی جدیدی ازجانداران جای گونه ی قبلی را گرفته اند. این گونه پس از ورود به زیستگاهش شاهد سیاهی ها و کثیفی های بسیاری بود و از همه جالب تر اثر انگشت ها و جای دست هایی که روی دیوارها و حتی روی سقف زده شده بود.به دلیل اینکه شرایط برای این گونه غیر قابل تحمل بود دست به تمیز کردن اتاق خود زد و از انواع شوینده ها،وایتکس هاو سافرانین ها!!!! استفاده کرد و مکان هایی که احتمال می داد دست گونه ی قبلی با آن برخوردی کرده  را با الکل ضد عفونی کرد اما هنوز شرایط وفق مرادش نشده بود پس با استفاده از کاغذ دیواری منظره ای جالب به سکونتگاه خود بخشید. ............ .

بااولین بارندگی و نشت ناودان از درون کمد باران واقعا قابل لمس بود و این طور شد که آوینی یعنی فصل بارونی بیشه رنگ چشماته همیشه.

حالا می نویسم به یاد ملت:

ملت یعنی خوش آمد گویی مستر حصارکی و میران پس از هر بار پیاده شدن از اتوبوس،ملت یعنی ترسیدن از هر آن فروریختن ساختمون روی سرت،ملت یعنی التماس دعا گفتن به مستر حصارکی و میران قبل از هر امتحان،ملت یعنی نون پنیر هندونه خوردن بین زمین و آسمون، ملت یعنی هر روز صبح فقط چند ثانیه زودتر از هم سوئیتی ها از خواب بیدار بشی تا تو صف دستشویی نمونی،یعنی درس خوندن روی پشت بوم،  یعنی تماشا کردن بدمیمتون بازی آقایون نگهبان از روی بالکن،یعنی از دست نگاه کردن های دزدکی همسایه خسته بشی و با تنفر پرده رو بکشی،یعنی ساختن هزاران فیلم پلیسی توی ذهنت هر نصف شب بعد از گزارش کار نویسی توی نمازخونه تا برسی به اتاق،یعنی محتاج نبودن به بوفه ی خوابگاه،یعنی نصف شب برسی خوابگاه و نگهبانی رو بیدار کنی، یعنی وقتی از پنجره ی خوابگاه یا اتوبوس بیرون رو نگاه می کنی حس کنی که خونواده ای هم هست حتی وقتی مثل من 500 کیلومتر دور از خونه باشی،ملت یعنی همه چیز آرومه، ملت یعنی.................. .

 خلاصه ای از کتاب اسرار جلد ۸۹ صفحه ی ۲۱۳۴۰

با توجه به اوضاع انتخاب واحد یه سری فرایندایی قراره انجام بشه اگه نتیجه ای داد سعی می کنیم تا شب  به اطلاع برسونیم که کی بریم دانشگاه.

فعلا بای.

کی میاین یونی؟؟

سلام بچه ها..

 آخرش کی میخوایم بریم یونی؟؟اینجا هرکی بیاد نظرشو بذاره به اوناییم که خبر ندارن بگید بیان نظربدن....

فعلا بای

وضعیت پایان ترم من!!

اومدم بگم واقعا آخره ترمی دارم منفجر میشم شما چطور؟!!

به قولی:قانون پایستگی واحدها=واحدها هیچگاه پاس نمیشوند بلکه از ترمی به ترمه دیگر منتقل میشوند.

این رونده کاری من در طوله ترم هستش گذاشتم که شما یذره نصیحتم کنین!

هفته اول:(فقط در حده تیریپ)

تا قبل از امتحانات میان ترم:

امتحانات میان ترم:

فرجه ها:

روزه قبل از امتحان:

شبه امتحان:

صبحه روزه امتحان:(دل پیچه و به دنبالش...)

حینه پخش کردنه برگه ها:

شرو پاسخگویی به سوالات:

حینه تحویل دادن برگه:

آمدن نمره ها روی بورد:

اظهاره نظر راجبه استاد:

اعتراض به نمرات:(این استاده)

وضعیت نهایی:  

همدردی استاد:  همدردی سایر افراد:

دیگه فقط همینه دیگه.

...

دکتر شریعتی : «کلاس پنجم که بودم پسر درشت هیکلی در ته کلاس ما می نشست که برای من مظهر تمام چیزهای چندش آور بود ،آن هم به سه دلیل ؛ اول آنکه کچل بود، دوم اینکه سیگار می کشید و سوم - که از همه تهوع آورتر بود- اینکه در آن سن و سال، زن داشت!... چند سالی گذشت یک روز که با همسرم از خیابان می گذشتیم ،آن پسر قوی هیکل ته کلاس را دیدم در حالیکه خودم زن داشتم ،سیگار می کشیدم و کچل شده بودم...

تبریک عیده به این قشنگی!!!

"الحمدلله الذی جعلنا من المتمسکین بولایة علی ابن ابی طالب(علیه السلام)"

عید همگی مبارک باشه! همیشه خدا رو شاکرم که شیعه هستم و حب حضرت علی(ع) و فرزندان ایشون توی قلبمه و این واقعا نعمتیه که خداوند نصیب ما بچه شیعه ها کرده٬احادیث و روایات زیادی هست که از ارزش و قرب شیعیان حضرت علی(ع) پیش خدا میگه که من اینجا یدونشو از کتاب اسرار خاندان محمد(ص) براتون نوشتم که حسابی قدر خودمون دستمون بیاد!

ادامه نوشته

آشنایی با برخی واژه های ایرانی

محتویات این مطلب جهت آشنایی افراد  با کلمات و واژه های ایرانی بوده و فاقد هرگونه ارزش دیگری‌ست! باید عرض کنیم که ممکن است برخی لغات دارای شکل املایی یکسان در ایران قدیم بوده اما خب ورژن جدیدش دیگه معنی سابق رو نمی‌ده !

ادامه نوشته

کشف ژن دیکتاتورها!!

 

 

براساس مطالعه‌ای که ادعا می‌کند ارتباط ژنتیکی برای ظالم بودن انسان‌ها یافته، به‌نظر می‌رسد رفتار دیکتاتور منشانه برخی از افراد به‌دلیل ژن هایشان باشد.

ادامه نوشته

کنکور 90 تو دهات ما!!!

هنر

-----------------------------------------

هنرپيشه معروف سينما ؟

الف) محمدرضا گلزار

ب) محمدرضا علفزار

ک) محمدرضا گندمزار

ش) محمدرضا دشت

 

...

ادامه نوشته

فقط و فقط مخصوص ژنتیسین ها...

به به!! چه شود؟!؟!؟! خودمون کم بودیم یه سری دیگه هم اضافه شدن. تا کلاس خودمون با هم متحد شدیم و با خلق و خوی همدیگه آشنا و به غلط املایی های هم عادت کردیم یه ترم گذشت حالا که دیگه بیوتک ها هم با ما هستن !!!! 10 ترم هم بگذره با هم دیگه متحد نخواهیم شد(امر بدیهیه.....)

از آنجایی که جنگ ژنتیسینها و بیوتکنولوژیستها آتش بس نداره و ژنتیسین ها بیوتکنولوژیست ها را قبول ندارن و بالعکس (البته به جز چند مورد نادر و استثنا که باید تماشاگر این باشیم که خدای نکرده در مواقع حساس آیا کسی همکلاسی خودشو میفروشه یانه؟؟؟؟)اگه اوضاع به این صورت پیش بره باید دور تعطیلات اول ترم،تعطیلات 10 روزه ی وسط ترم، تعطیلات پایان ترم، لغو منطقی امتحانات و کلا دودریزاسیون رو یه خط اونم با ماژیک قرمز بکشیم پس خواهشا برای اینکه کلاس در دست ژنتیسین ها قرار بگیره فکری کنید و نظرات و تکنیک های سر کلاسی پیشنهادی خودتون رو باز گو کنید......

مورد دوم: سوال دکتر رجبی!!!!!!"نماینده ی کلاس شما کیه؟؟؟؟؟؟؟"و در این هنگام همه ی حاضران و مطمئنا غایبان به هم نگاه می کردیم!!!و پاسخی برای گفتن نداشتیم.... و این سوال چند باری تکرار شد.... شخص شخیص بنده وقتی دیدم که اگه یه دفعه ی دیگه این سؤال تکرار بشه همگی مجبور به حذف این درس میشیم خود را به عنوان نماینده ی جامعه ی زحمت کش،ساعی،علم دوست و دانشمند (کلاس خودمونو میگم) معرفی کردم.......این کار صرفا جهت آبروداری بود و بس!!!!!!!گفتم که در جریان باشید..........

اخبار و اطلاعیه های آموزشی

با اینکه به احتمال زیاد الآن همه بچه ها متوجه شدن،اما ما وظیفه خود دانستیم تا محکم کاری کنیم:

*خانم دکتر رجبی گفتن که جلسه بعد همگی یک برگه،پشت و رو ،به صورت دست نویس، اندر خواص فیزیکی و شیمیایی آب می نویسین و میارین!!

**ونیز........ از اونجا که شنبه ها  باید راس ساعت ۱۳ حضورتونو در کلاس  پیدا کنین و تا ساعت ۱۸ همونجا نگهش دارین، در بازه ی حذف و اضافه ،هر درس عمومی که برداشته بودین،میذارین سر جاش!!

***اگه اشتباه کردم از دوستان خواهشمندم اصلاح نمایند ـ البته بعید می دونم ـ

****اگه  درمورد میکروب و اکولوژی نکته خاصی هست،لطفا بگین

*****ما رسالت خویش را انجام دادیم،لطفا حاضران به غایبان برسانند .........

 

واما یه سوال:

یکشنبه واقعا آزمایشگاها تشکیل نمیشه؟؟!

نظرسنجی!

با سلام خدمت گلای باغ زندگی!

یه راست میرم سر اصل مطلب!

ما آخر نفهمیدیم چی شد! بالاخره کی بریم سر درس و زندگیمون؟ البته من برا درس خوندن هول نمیزنم ها! یعنی هیشکی هول نمیزنه! من دلم برا شما تنگ شده!(چرا پشت سرتو نگا میکنی؟با خودتم! )منو ولم کنی میرم دانشگاه مجازی ک اصلا ریخت مکانی ب نام دانشگاهو نبینم!این احساسم هم کاملا متقابله چون مطمئنم یونی هم منو دوس نداره!(اصلا هیشکی منو دوس نداره! ).

بگذریم....

برای اینکه تمام شبهات از بین بره و همه تکلیفشونو بدونن با اجازه پیشکسوتان در امر هماهنگی کلاسی (ب خصوص ریحانه جون) ی نظر سنجی میذارم:(لطفا عدد گزینه مورد نظر را ارسال نمایید!!!)

 * کی میای یونی؟

۱-  ۱۹ شهریور

۲-  ۲۶ شهریور

۳- ۱ مهر

۴-  ۳ مهر

توجه! توجه!

سلام دوستای عزیزم! ببخشید من چن روز نبودم و نتونستم تکلیف نظرسنجیو تا قبل از ۱۹م تعیین کنم! ولی الان یه اطلاعیه میدم که خیال همه راحت شه!

بند اول:زودتر از ۲۶م نمیریم یونی.اونایی که خیلی مشتاقن ۲۶م برن .بقیه هم اول مهر. (البته من نمیگم نتایج حرفای شماس). بیو تکام تا جایی که من اطلاع دارم ۲۶م میرن.

بند دوم:اونایی که میخوان تقویتی شیمی آلی بردارن باید تا قبل از حذف و اضافه فرم درخواست کلاسو امضا کنن.تا الانم ۳ نفر اینکارو انجام دادن.

بند سوم:دیگه عرضی ندارم!